Trong quá khứ đã từng có kẻ đặt bom nhằm vào Sở cảnh sát Tokyo và sau ba năm hắn ta đã xuất hiện trở lại. Thanh tra Shiratori đã bị hắn cài bom trong xe khiến bị thương kèm theo đó là fax thách thức trụ sở cảnh sát rằng có một quả bom nào đó đã được hắn đặt trong thành phố. Thời hạn là ba giờ chiều để tìm ra vị trí quả bom. Nhờ vào các gợi ý thủ phạm đưa ra và dựa vào suy luận của mình Conan nhận ra Tháp Tokyo chính là nơi có quả bom. Tuy nhiên, khi đến nơi Conan thấy có một bé gái bị mắc kẹt trong thang máy sợ hãi không dám ra nên đã chui vào đưa ra. Nhưng khi bé gái vừa ra thì thang máy bị chấn động mạnh và rơi xuống dưới. Tại đó Conan tìm cách thoát ra thì vô tìm thấy quả bom hẹn giờ nhưng nó gắn la bàn thủy ngân với một va chạm nhẹ sẽ khiến quả bom phát nổ. Conan yêu cầu Takagi gọi người gửi dụng cụ gỡ bom xuống dưới để mình thực hiện việc gỡ bom. Do trên màn hình nói rằng nếu cắt dây thì sẽ bỏ lỡ gợi ý về một quả bom lớn hơn, Conan giả vờ ngưng việc cắt dây gỡ bom để thủ phạm lơ là và giải mã được gợi ý từ màn hình ở ba giây cuối cùng, quả bom thứ hai được đặt ở trường Trung học Teitan, nơi Ran và Sonoko đang học. Sở cảnh sát âm thầm cử người ra vào trường gỡ bom và tìm thấy kẻ đặt bom trên một cây cầu. Hắn đã nhảy lên nóc một chiếc xe và thiếu úy Sato đuổi theo. Cuối cùng kẻ đánh bom đã bị bắt.